Už v roce 1996 se Kočner navíc zapletl do kauzy Technopol. Tehdy byl společně se synem slovenského prezidenta Michala Kováče obviněn z účasti na finančním podvodu vůči firmě Technopol za 2,3 milionu dolarů. Od prezidenta Kováče nakonec dostal milost.
