Kvůli otázkám migrace a integrace se dostávala do sporů i s bavorskou stranou CSU (s kancléřčinou CDU kandidují vždy společně, v tandemu), a jejím šéfem Horstem Seehoferem (na snímku z roku 2017). Spory se ale vždy urovnaly, a Seehofer je dodnes spolkovým ministrem vnitra.
