Na počátku 50. let KSČ zatkla a uvěznila několik předních slovenských komunistů, obvinila je z takzvaného buržoazního nacionalismu. Patřil mezi ně například Gustáv Husák, odsouzený v roce 1954 na doživotí. Dubčeka se to netýkalo: v říjnu 1951 povýšil a začal pracovat na organizačním oddělení Ústředního výboru Komunistické strany Slovenska (ÚV KSS) v Bratislavě. Na začátku roku 1953 znovu změnil pozici. Stal se krajským tajemníkem ÚV KSS ve Středoslovenském kraji. Přestěhoval se i s rodinou do Banské Bystrice.
