Šest let zastávala post nejvyšší státní zástupkyně. Do funkce ji v roce 1999 navrhl na doporučení Otakara Motejla tehdejší premiér Miloš Zeman. Kvůli svým ostře formulovaným názorů a postojům se neshodla s ministrem spravedlnosti Pavlem Němcem a vláda ji 29. září 2005 z funkce odvolala.
Benešová původně odmítala nabídku na kandidaturu do Senátu a rozhodla se vrátit do advokacie.
Marie Benešová nikdy nebyla členkou žádné politické strany. Na Nejvyšším státním zastupitelství vytvořila specializované odbory na stíhání hospodářské kriminality.