V době otevření Nádraží císaře Františka Josefa už železnice v Praze fungovala - už v srpnu 1845 se otevřelo dnešní Masarykovo nádraží, v červenci 1862 pak začaly jezdit vlaky na tehdy samostatný Smíchov - a rok po jeho zprovoznění se v těsném sousedství přidala i zprvu samostatně stojící stanice dráhy z Turnova a Kralup. Během poslední čtvrtiny 19. století pak železnice v Praze dále rostla, jednotlivé tratě se propojovaly a z Nádraží císaře Františka Josefa se stal hlavní pražský dopravní uzel.
