Fabia RS se v první generaci nabízela výhradně s naftovým agregátem 1.9 TDI. Přesto existuje i s benzínovým motorem a nejedná se o tuningovou úpravu. Řecké zastoupení Škody nabídlo na sklonku kariéry první generace model Fabia Sport Edition. Ten měl znáčky RS, sportovní doplňky karosérie i interiéru a pod kapotou čtrnáctistovku o výkonu 85 kW. Verzi Sport uděloval zrychlení z 0 na 100 km/h za 10,8 sekundy a maximální rychlost 202 km/h.
