Druhý příběh spjatý s Borůvkovým sanatoriem se týká Jana Palacha. Součástí zařízení byla klinika popálenin a plastické chirurgie a sem byl Palach přivezen sanitkou asi čtvrt hodiny po svém činu. Několik dnů poté, dne 19. ledna 1969, zde na následky popálenin umírá.
