Po prudkých deštích stoupla Vltava v Českých Budějovicích vysoko nad normál a strhla železniční trať směrem na Hlubokou. Berounka vystoupila u Zbraslavi o 4 metry, takže krajina u Zbraslavi a nížina mezi Radotínem a Chuchlí se podobaly jezeru. Ve večerních hodinách 3. září vystoupila hladina Vltavy v Praze o 4,5 metru nad normál. Voda dosahovala až k budově Náprstkova Muzea, valila se přes Novotného lávku, byly zaplaveny přízemní místnosti Klementina a v Husově ulici dosahovala voda až ke Clam-Galasovu paláci. Také ostrov Štvanice byl zaplaven až do výše koruny stromů a celá Kampa byla pod vodou, která dosahovala až do výše prvního poschodí.
