Tou nejznámější se pravděpodobně stala kauza Čapí hnízdo. Podle policie se Babiš podvodem dostal k padesáti milionům korun z evropských dotací, které byly určené pro malé a střední firmy. Ty pak použil na výstavbu rekreačního areálu nedaleko Olbramovic na Benešovsku.
